程序代码不同
Linux虚拟主机与Windows虚拟主机突出的不同点就是，linux主机支持的语言环境是PHP，而Windows所运行的是ASP。
不同程序代码拥有不同的兼容性，也造成了不同应用程式在虚拟主机上的不同体现，例如受广大站长喜爱的CMS系统WordPress，在Linux上运行就更合适。
成本不同
Linux作为开源性的操作程序，在使用上是免费的，而Windows系统的使用则需要支付版权费用，也就是说，如果用户选择Windows虚拟主机的话，将额外支付该系统的版权费用。不过，有的服务商提供的网站空间已经获得了Windows正版授权，比如西部数码。
稳定性不同
使用Linux系统的用户很少会遇到系统崩溃的情况，甚至在运行多年也不会出现重大事故。即使出现什么安全漏洞，作为开源系统的Linux，也会有人迅速修复，稳定性比Windows相对要高一些。
控制台不同
Linux系统主要适用cPanel控制面板，Windows系统的虚拟空间主要适用Plesk控制面板，不同面板的操作风格不同，提供的功能也会有所差异。
总的来说 ，两个系统并没有好坏之分，在选择时更多的还是看站长所使用的环境和应用的功能，根据应用实际情况进行合理的选择。
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