网络系统运营使用单位在初步确定网络系统安全保护等级后，对于第二级(含)以上网络系统，在安全保护等级确定后30日内，由其运营使用单位或者主管部门到所在地设区的地市级以上公安机关办理备案手续。
公安机关收到网络系统运营使用单位的备案材料后，对系统定级基本准确的，颁发由公安部统一监制的《备案证明》;对于定级不准的;会向备案单位发整改通知，建议组织专家重新进行定级评审，并报上级主管部门审批。备案单位仍然坚持原定等级的，公安机关可以受理其备案，但应当书面告知其承担由此引发的责任和后果，经上级公安机关同意后，同时通报备案单位的上级主管部门。
等级保护定级备案的申请材料：
1、填写《信息系统安全等级保护备案表》(以下简称《备案表》)，纸质材料，一式两份;包括：《单位基本情况》(表一)、《信息系统情况》(表二)、《信息系统定级情况》(表三)和《第三级以上信息系统提交材料情况》(表四)。第二级以上信息系统备案时需提交《备案表》中的表一、二、三;第三级以上信息系统还应当在系统整改、测评完成后30日内提交《备案表》表四及其有关材料。
《备案表》需通过“等级保护备案端软件”填写信息，并导出word文档生成。另，在填写表三“09 系统定级报告”时，需把《信息系统安全等级保护定级报告》上传到“附件”再导出word文档。
2、《信息系统安全等级保护定级报告》(以下简称《定级报告》)，纸质材料，一式两份。每个备案的信息系统均需提供对应的《定级报告》，《定级报告》参照模版格式填写。
3、备案电子数据，刻录光盘。每个备案的信息系统，均需通过“等级保护备案端软件”填写信息，并保存为一个压缩文件(压缩文件需包含sysdata.xml、orgdata.xml及《定级报告》3个文件)。另，第三级以上系统备案电子数据还应包括《备案表》表四所列的各项内容。
4、《信息安全等级保护工作小组名单表》，刻录光盘。参照模版格式填写。
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