配置隧道和自动隧道的主要区别在于：只有执行隧道功能的节点的IPv6地址是IPv4兼容地址时，自动隧道才是可行的。在为执行隧道功能的节点建立IP地址时，自动隧道方法无需进行配置；而配置隧道方法则要求隧道末端节点使用其他机制来获得其IPv4地址，例如，采用D H C P、人工配置或其他IPv4的配置机制。
自动配置隧道
自动配置隧道需要静态建立双向的隧道，配置隧道的一方不需要与其他方协同。系统建立隧道的接口或者在IPv6地址中包含IPv4地址信息，这样在隧道对IPv6包进行封装时可以从IPv6地址中提取IPv4地址，并填写IPv4包头; 或者提供一种IPv4寻址方式，利用寻址技术得到对端的IPv4地址。
自动隧道就是隧道接口中的目的地址可以不用配置，直接从IPv6地址中提取。自动隧道技术主要有6to4隧道技术和ISATAP技术。使用6to4隧道技术时，需使用专门定义的6to4地址，即2002：：／16为前缀的地址，组成形式为：2002：IPv4地址：子网ID：接口ID，其中IPv4地址是网络边界路由器上与IPv4网络连接的接口的地址，它必须是一个公网地址，同时这个地址也是6to4隧道的源地址。
手工配置隧道
手工配置隧道是一种端到端的机制，需要隧道两端的管理员协同工作来完成隧道的建立。管理员对隧道两端进行配置时，首先应为隧道接口指定两端的IPv4地址，对在此隧道上传递的所有IPv6包进行IPv4封装时，都要从这一配置信息中提取源和目的IPv4地址。其次管理员要设置必要的路由信息，用以决定哪些IPv6包要经过隧道传递。
由于手工配置隧道是IPv6支持的第一个过渡机制，所以在目前被广泛地支持。这种机制不强制要求使用隧道的主机IPv6地址中包含某种固定信息，地址的使用比较灵活。但这种方式的缺点是，人工配置的隧道两端IPv6地址和IPv4地址都需要事先经过协商和设定，才能完成两端的隧道配置，这给接入网技术管理人员带来了极大的负担。手工配置的人工工作量大（每天要处理上万条隧道），导致效率低下，并且容易出现差错。
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