云虚拟主机的操作系统，需要处理管理与配置内存、决定系统资源供需的优先次序、控制输入与输出设备、操作网络与管理文件系统等基本事务。操作系统也提供一个让用户与系统交互的操作界面。
操作系统的类型非常多样，不同机器安装的操作系统可从简单到复杂，目前市场上虚拟空间的操作系统一般有两种，Linux和Windows操作系统。
Windows虚拟主机是微软开发的，是闭源的，而Linux操作系统是开源的，开设的系统主要包括CentOs、Ubuntu、Debian、Redhat。
对客户来说，选择操作系统实际上就是选择编程语言。比如，使用ASP和ASP.NET的客户会选择 Windows 2000，而使用PHP语言的客户则选择 Linux 系统。至于使用CGI程序的客户，两者都可以选择，不过建议选择后者。
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