Windows虚拟主机是微软开发的，是闭源的，而Linux操作系统是开源的，开设的系统主要包括CentOs、Ubuntu、Debian、Redhat。
对于Linux虚拟空间，一般运行的组件是Apache+Mysql，对PHP程序比使用比较稳定，部分的Linux也支持JSP，而Windows主要组件是IIS，以Sql Server为主，主要支持ASP，.NET等，Windows相对对于Linux，比较全面。
一般来说，Linux支持PHP程序接近99%，而Windows在95%，相对来说，Linux操作系统的网站空间对PHP程序支持要更好一些。
在稳定性方面，由于Windows是闭源，漏洞较多，稳定性可能不如Linux操作系统好。
两者价格来说，Linux价格优势明显，它是开源的，成本方面比Windows要低很多。因此站长如果从价格入手的话，建议选择Linux操作系统的虚拟主机。
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